در مرحله دوم ممیزی در محل مشتری بر اساس استاندارد مرجع،الزامات قانونی و الزامات خاص صنعت انجام میشود.هدف از انجام این ممیزی بررسی میزان آمادگی مشتری برای ممیزی اخذ گواهینامه میباشد.
بسته به وضعیت سازمان بعد از دو هفته تا یک ماه ممیزی نهایی و یا صدور گواهینامه انجام میگیرد که در صورت نداشتن مغایرت عمده MAJOR ؛گواهینامه برای مدت سه سال صادر میشود ولی برای اطمینان از استقرار مناسب سیستم هر سال ممیزی مراقبتی انجام میشود
در این ممیزی فرصت های بهبود و عدم انطباقهای احتمالی برای رفع آن قبل از ممیزی نهایی به اطلاع مشتری میرسد.
در ممیزی مرحله اول مستندات سازمان بررسی شده و در صورت داشتن ایراد جدی،مورد به اطلاع سازمان رسیده تا مشکل رفع شود.